Wenn Du in WSFTP mit der rechten Maustaste auf ein file klickst, kannst Du im aufklappenden Kontextmenü "FTP-Commands" auwählen. Unter den verfügbaren Kommandos klickst Du "CHMOD (Unix)" an und es öffnet sich folgendes Fenster:

Trage einfach unter "Numeric Value" den gewünschten Wert ein. Die Häkchen setzten sich dann automatisch richtig.
Hier zur Sicherheit noch ein paar wichtige Werte:
644: Owner (Read/Write), Group (Read), Other (Read)
666: Owner (Read/Write), Group (Read/Write), Other (Read/Write)
755: Owner (Read/Write/Exec), Group (Read/Exec), Other (Read/Exec)
777: Owner (Read/Write/Exec), Group (Read/Write/Exec), Other (Read/Write/Exec)