Para subir tus archivos utilizás un programita; el mío se llama WS_FTP, pero supongo que aunque el tuyo sea distinto, las diferencias a la hora de hacer un CHMOD no serán sustanciales.
Los CHMOD son unos permisos, algo similar a los attributes que había en el viejo DOS (que otros que sepan mas que yo te agreguen más precisiones a esto)
Suponé que quiero dar CHMOD 777 a la carpeta yabbse (la que subís arriba, no la que está en tu HD)
Apunto con el mouse sobre la carpeta, y ahora oprimo el boton derecho del mouse, con lo que se despliega un menú: allí tengo la opción CHMOD, cosa que elijo. Me aparece una matríz como las que debajo te muestro: a cada casillero podés marcarlo o desmarcarlo. Te puse una "v" para indicar que el casillero está marcado.
CHMOD 777:
| Owner | Group | Other
----------|------- --|-----------|----------
Read | v | v | v
----------|--------- |-----------|----------
Write | v | v | v
-------- -|--------- |------------|----------
Execute | v | v | v
--------- |-------------|-----------|----------
Ahora aceptás y listo, ya le diste el CHMOD 777 a la carpeta.
CHMOD 666:
Si le queres dar CHMOD 666 a un archivo, hacés lo mismo pero apuntando con el mouse sobre ese archivo (si tuvieras que hacerlo con varios, los marcás mientras tenés apretada la tecla Ctrl y a continuación "invocás" el CHMOD con el botón derecho del mouse) . Ahora la matríz la llenarás de otra forma, tal como te indico a continuación.
Si ya la tenías antes toda marcada, ahora simplemente desmarcás la fila inferior (estás quitando permiso de ejecución para Owner, Group y Other.
| Owner | Group | Other
--------|------- --|-----------|----------
Read | v | v | v
--------|------------|-----------|----------
Write | v | v | v
---------|-----------|-----------|----------
Exec | | |
------- |------------|-----------|----------
Espero que esto te sirva.

[Si vos subis los archivos con otro producto, no te desanimes: lo que importa es qué cosa esta habilitada, y cuál no. En cada caso tendras a la vista las tres clases de permisos que puede haber, segun sea Owner, Group u Other.]
Saludos, Bambi
PS: Lamento lo rengas que me han salido las matrices. Alguna vez podremos "pegar" matemática con estos formularios...
